http://www.rfxn.com/projects/linux-malware-detect/ kullanabilirsiniz...

Encode edilmiş veri tanımlaması çok zor olacaktır , bunun takibi içinde loglarınızı incelemeniz faydanıza.

Sunucunuzu baştan sonra elden geçirmek için de

http://www.cyberciti.biz/tips/php-se...-tutorial.html

Eşsiz dökümanlardandır.

Yanlış anlamayın host işi ile ilgilenip bu tür hususlarda bilgi sahibi olmamanız ileride hem kendiniz hemde müşterileriniz için büyük sıkıntılar ortaya çıkaracaktır.