checkboxları oluştururken hepsini bir evente bağla.

box.CheckedChanged+=new EventHandler(box_CheckedChanged);

Daha sonra burada seçilenlerin id sini, nameini alabilirsin, geri kalan işlemleri yaptırabilirsin.

private void box_CheckedChanged(object sender, EventArgs e)
        {
            CheckBox c = sender as CheckBox;
            MessageBox.Show(c.Name);
        }