Sunucunuzu Nginx ve google pagespeed ile tekrar kurmanızı tavsiye ederim. İşlem 1 gecenizi alır en fazla. Benim sitem Apache ile 4.5 saniyede açılıyordu, şu an 1.25 saniyede açılıyor. Bunun dışında mysql'de gereksiz sorgu döndüren bir şeyler olabilir, logları kontrol etmenizi öneririm.
Sitelerin açılmasında hiçbir problem yok yaklaşık 3-5 saniye sürüyor açılması ama ram kullanımı anormal seviyede sanırsam mysql ile kaynaklı bir durum sizinde belirttiğinzi gibi.