Global Değişkenimizi tanımlayın ilk olarak

FlowLayoutPanel f1;

Form Load Kısmına FlowLayoutPanelimizin özelliklerini ekleyip forma ekleyelim

f1 = new FlowLayoutPanel
            {
                Anchor = ((System.Windows.Forms.AnchorStyles)((((System.Windows.Forms.AnchorStyles.Top | System.Windows.Forms.AnchorStyles.Bottom)
                | System.Windows.Forms.AnchorStyles.Left)
                | System.Windows.Forms.AnchorStyles.Right))),
                Location = new System.Drawing.Point(7, 50),
                Name = "f1",
                Size = new System.Drawing.Size(407, 235),
                TabIndex = 1,
                FlowDirection = FlowDirection.TopDown
            };
            Controls.Add(f1);

1 Adet Button checkbox kontrolü ekletmek için

CheckBox c1 = new CheckBox();
            c1.Text = "Test";
            f1.Controls.Add(c1);

1 Adet button daha ekleyin check kontrol için

foreach(CheckBox c in f1.Controls)
            {
                if(c.Checked)
                { 
                // True ise
                }
                else
                {
                //False ise
                }
            }