Sunucunuzu Nginx ve google pagespeed ile tekrar kurmanızı tavsiye ederim. İşlem 1 gecenizi alır en fazla. Benim sitem Apache ile 4.5 saniyede açılıyordu, şu an 1.25 saniyede açılıyor. Bunun dışında mysql'de gereksiz sorgu döndüren bir şeyler olabilir, logları kontrol etmenizi öneririm.