istersen bu eklentiyi kullanarak işini halledebilirsin eklenti istemezsen manuel olarak kodlarda değişiklik yapmak gerek ama eklenti daha sağlıklı olur diye düşünüyorum

http://wordpress.org/extend/plugins/wp-no-tag-base
http://wordpress.org/extend/plugins/wp-no-category-base