Aspx kontrolleri server taraflı çalışır. Yani TextChange, PreRender, Load gibi olayları vardır. Bu olaylara kod yazarak gerekli kontrolleri yapabilirsiniz.
Html kontollerini ise client taraflı çalışır. Javascript ile bu kontrolleri yapabilirsiniz.
runat="server" özelliği eklediğiniz sürece kod tarafından html elemanlarına da erişebilirsiniz.
https://msdn.microsoft.com/en-us/lib...vs.110%29.aspx