Arkadaşlar problemi çözdüm. Sorun tahmin ettiğim gibi mysqli api extension'ın eksik olmasından kaynaklanıyormuş. cPanel bu extension'ın standart olarak yüklü gelmediğini belirtti. Şuan tüm mysqli komutları sorunsuz çalışıyor. Aşağıda çözümü belirttim.

Aşağıdaki dizine "all_php5" adında bir dosya oluşturun.

/var/cpanel/easy/apache/rawopts/

Oluşturulan dizine aşağıdaki kodu yazın.

--with-mysqli=mysqlnd

Sonra whm'den easy apache ile hiçbir ayar değiştirmeden rebuild yapın.