Open files limiti ile ilgisi yok pek olayın, open files aynı anda mysql üzerinde açık kalabilecek tablo-dosya sayısını belirtir çok düşük olması sql performansını düşüreceği gibi yüksek olmasıda aşırı cpu kullanımı olarak geri döner.

Öncelikle phpmyadminden veya whm üzerinden "show mysql process" kısmından sorgularınızı takip edin, sürekli devam eden, süresi uzun, sleep konumdaki sorgular adı geçen veritabanında bir sıkıntı olduğunu gösterecektir. Db yi tespit ettikten sonra script üzerinde düzenleme yapabilirsiniz. Düzenleme yaptıktan sonra mysqlü yeniden başlatıp 3-5 dakika bekleyip durumu takip ediniz.