while içinde foreach kullanıldığından bir defa dizide sonuç bulunca bundan sonraki her while döngüsünde yine sonuç bulacağından yanlış sonuç çıkıyormuş.

while($partlarim=mysql_fetch_assoc($part_gel))
{
$i++;
/**/
$pzrt[$i]=unserialize($partlarim['part_content']);
$pzrt_name[$i]=$partlarim['part_name'];
}

foreach($array as $partIsim=>&$data) {
$indis=array_search($partIsim, $pzrt_name);
if(isset($indis) && $indis!==false) {
$data=array_merge($data,$pzrt[$indis]);
$data=array_unique($data);
}
$partVerim=serialize($data);
echo $partIsim.' => '.$partVerim.'<br>'."\n";
}

şu şekilde bakarsanız tüm partları listelettim, eğer aynı olan varsa 2 iframe geldi yoksa tek iframe devam etti.