ie için ayrı bir css dosyası daha oluşturmanız gerekir. ve ie için bozuk görünüm olan yerleri tekrar düzeltmeniz gerekir. Düzenleme işleminiz bittikten sonra header.php'ye gelip head tagları arasına bu konu yazınız.

<!--[if gte IE 9]>
<link rel="stylesheet" href="<?=bloginfo('stylesheet_directory')?>/oluşturduğunuz-css-adı.css" type="text/css" media="screen" />
<![endif]-->