Anladığım kadarıyla çalışan programların Md5 checksum değerlerini alarak kontrol yapacaksın.

İlk başta çalışan programların listesini alacaksın. (Process id vs...)
http://www.cplusplus.com/forum/windows/45564/#msg247402

C++ ile çok fazla çalışma fırsatım olmadı ama yukarıdaki örnekte pe32.szExeFile büyük ihtimal exe yolunu verecektir.

http://stackoverflow.com/questions/1...of-a-file-in-c

Bu örnekte md5 checksum değerinin alınması var. Process list gelirken teker teker checksum değerlerini alarak dizi içindeki checksumlar ile eşleşiyormu eşleşmiyor mu kontrolünü yapacaksın. Eşleşiyorsa taskkill yaparak kapatabilirsin.

Bu arada eğer bu kontrolü yapan programa güvenlik koymazsan kolaylıkla bypass edilebilir.