Inputlardaki array kısımlarına sabit bir sayaç atarsanız sorunu çözersiniz.

Hatta komple bütün arraylara gelen verinin id numarasını atayip 2 boyutlu dizi yaparsanız güncelleme vs çok daha kolay olur. Bir çok dizi ile uğraşmak yerine tek dizi ve bunun alt dizileri ile uğraşırsınız.

Örneğin

<?php
$sayac = 0;
$resimSql = mysql_query("SELECT * FROM resimler WHERE resim_sayfa_id = '".$gelenId."'");
if (mysql_num_rows($resimSql) != 0) {
   while ($resimYaz = mysql_fetch_assoc($resimSql)) {
	  $resimId = $resimYaz['resim_id'];
	  $resimAdi = $resimYaz['resim_uniq'];
	  $resimAd = $resimYaz['resim_adi'];
	  $resimAcik = $resimYaz['resim_aciklama'];
	  echo '<span class="res" style="float:left;display:block;margin-bottom:40px;"><img src="upload/';
	  echo $resimYaz["resim_uniq"];
	  echo '_150.jpg"><a href="#" data-tablo="resimler" data-id="'.$resimId.'">X</a><br><br>';
	  echo '<input type="text" name="resim_adi['.$sayac.']" class="form-control" style="width:90%;" value="';
	  echo $resimAd;
	  echo '"><br>';
	  echo '<input type="text" name="resim_aciklamasi['.$sayac.']" class="form-control" style="width:90%;" value="';
	  echo $resimAcik;
	  echo '">';
	  echo '<input type="hidden" value="'.$resimId.'" name="resimIdd[]">';
	  echo '</span>';
	  ++$sayac;
   }
}else {
	  echo "Sayfaya Ait Resim Yok!";
   }
?>

Daha sonra veri post edildiğinde 2 diziyi okuyup, dizi indislerine göre eşleştirme yapabilirsiniz.

Kodlarda resimlerin update edildiği kısmı göremedim o yüzden tam olarak ihtiyacınızı karşılamayabilir.