Inline PHP yazmak ilerde problem çıkarabilir. Nasıl Problem Çıkarabilir?
Yarın bir gün nesneye dayalı programalama'ya geçmeye karar verirsin, bir template sistemi kurayım ya da varolan template motorlarından (smarty,twig vb.) birini kullanayım dersin, bir bakarsın geride 50 tane geleneksel (spagetti) web projesi var. Otur uğraş dur.

Ancak yeni başlayan biri isen inline php yazmaya bir süre devam edeceksin diye tahmin ediyorum.

Bu sebeple ikisinin arasında pek bir fark yok, seo'ya da etki etmez.

Php sunucu taraflı çalışan yazılım dilidir, tarayıcıya çıktı verir, orada yazdığın kodları arama motorları görmez, php'nin yorumlayıp verdiği çıktıyı görür.