IntPtr hWindow = FindWindow(null, "Pencere adını buraya yaz");
 if(hWindow != IntPtr.zero) {
 SetWindowText(hWindow, "");
}
else {
 MessageBox.Show("Pencere ismi yanlış");
}

Önce FindWindow apisi ile başlığı girerek pencerenin Handle değerini al daha sonra SetWindowText apisi ile orayı "" ile değiştir işlem tamamdır.