Merhabalar,
Bu konuda yapabileceğiniz iki şey var.
1. Tüm tespit edilen kalıcı URL yapısını uyguladığınız yeni yapıya 301 ile yönlendirerek hem indekslerinizin silinmesinden, hemde ziyaretçi kaybından basit bir şekilde kurtulursunuz.
2. Site robots.txt dosyasına ve </head> etiketinden önce "noindex, nofollow" etiketi koyarak sitenin indekslerinin yavaşça silinmesini sağlayabilir ardından indeksler temizlendikten sonra yeni yapıya geçiş yapabilirsiniz (Bu uzun bir süreçtir)
Google birden sitenizi silmeyecektir, indeksler bir süre kalacaktır. Belli bir süre ardından indeksleme için yeni yapı üzerinden "WebMaster tools" düzenli bir şekilde kontrol edilerek (404 hataları vs.) yapılabilir.