Siteniz alanında otoriter sağlam bir siteyse ve uzun zamandır o sıralamalarda kaldıysanız kısa zamanda eski yerini alacaktır. Sitenizde hiçbir değişiklik yapmadan eskiden ne yapıyorsanız aynen devam edin.
Subdomain olayına gelince hit alan ve kullanıcıların gezdiği subdomainler ise o kapattıklarınız size - yönde dönebilir de dönmeyebilirde. O subdomainler de kullanıcıya sunduğunuz içerikler, yeni oluşturulan klasör sayfalarında kısa zamanda eskisi kadar Google'ın gözünde popüler olabileceğini sanmıyorum. Ancak o uzantılara direk sitenizin o sayfalarıyla ilgili birkaç kaliteli siteden link alarak desteklerseniz kısa zamanda düzelme ihtimalide var. Dediğim gibi uzantılara link alacaksınız (siteniz.com/klasorismi şeklinde) ve sitenizle alakalı sitelerden olacak bunlar.