Linkleri .htaccess üzerinden rewright engine ile yönlendirdikten sonra bu değişimleri Google web yöneticisi araçları (Webmasters/Tools) üzerinden bildirirseniz bir problem yaşayacağınızı sanmıyorum, en azından uzun vadede.
Konuyu biraz daha açar mısınız ?
.htaccess üzerinden nasıl bir yönlendirme olacak mesela ve webmaster toolsdan tüm linkleri tek tek mi bildiricem.