Konu Google üzerinde aramalarda yukarıda çıktığı için cevap yazıyorum. Benzer sorun bir saldırı sonucu sitemizde baş gösterdi.

Herşeyi denememe rağmen çözemedim ancak çok basit bir noktada ulaştım çözüme.

Bilgi olarak ekleyeyim, belki birilerine çare olur.

Ayarlar > kısmında Okuma / Yazma herhangi birindeydi. En altta karakter seçeneği diye bir bölüm belirmiş ve UTF-7 görünüyordu. Onu UTF-8 yapıp kaydettiğimde sorun düzeldi. Şimdi bu bölüm panelde görünmüyor.

Basit ama gözden kaçabilen bir detay olabilir.