Ben hata tespitimi disk I/o değerlerinden yana yapıyorum. Ana sunucuda çok fazla sayıda VDS varsa diskinizin I/o değerlerinde problem olma olasılıgı çok yüksek gibi geldi. Problem oluşmadan önce sunucu içerisinde birbirinden uzak dizinlere 500-600mb yada daha fazla boyutta bir dosyayı kopyalamayı denerek disk yazma ve okuma hızlarını hesap etmeye çalışın. Probleminizin çözümü bu noktadadır diye düşünüyorum. Mysql'a gelecek olursak disk yazma ve okuma hızlarından biri yada ikisinde problem olduğu için mysql'un cevap verememesi muhtemel bir durumdur. IP'nizin ping alması aklımda bu fikirleri oluşturdu.