cd /
du -sh *
hangi dizinler yer kaplıyor bunlara bir bakın öncelikle. virus veya yanlış config sorunu anlamak lazım.

en son my.cnf dosyasında işlem yaptığınızı söylediğinizden dolayı acil çözüm için;

tahminimce mysql binary log'u enable etmişsiniz. /etc/my.cnf dediğinize göre centos kullanıyorsunuz. mysql sunucusunu durdurup /etc/my.cnf dosyasındaki bin-log'u disable edin. daha sonra da /var/lib/mysql altındaki mysql-bin log dosyalarını silin ancak başka birşeyleri değil dikkat edin yani. sonra mysql'i yeniden başlatabilirsiniz.

sorunun kaynağı mysql-bin log değilse, kök altında; du -ksch * ile dizinlerin kullanımlarına bakabilirsiniz.