private void Kontrol()
{
            if (CheckBox1.Checked == true)
            {
                Panel1.Visible = false;
                Panel2.Visible = true;
            }
            else
            {
                Panel1.Visible = true;
                Panel2.Visible = false;
            }
}
yukarıdakini ekle daha sonra Page_Loadda Kontrol diye çağır.