google artık subdomain sevmiyor. klasör daha mantıklı diye düşünüyorum.
Bunu neye dayanarak söylüyorsunuz ?
------------
Subdomain yada ana domain yada / klasör fark etmez sizin hoşunuza nasıl gidiyor ise o şekilde işinizi yapın sonuç olarak alacağınız verim siteyi kuruş şeklinize uzantınıza göre değil çalışma prensibinize göre değişkenlik gösterecektir.