/. komutu ile kök dizinden itibaren herşeyin sahipliğini değiştirmişsiniz, sadece /etc altında bile yüzlerce ayar dosyası var, bunları tek tek düzeltmeniz çok zor olacak,

sadece sitelerinizi düzeltmek için /home ve altındakileri düzenlemeniz yeterli olacaktır, ancak sunucunuzun güvenliği için yedeklerinizi alıp makinenizi formatlamanızı tavsiye ediyorum.

Eğer panelinizde bozuldu ve yedek alamıyorsanız ücreti ile yardımcı olabilirim.