Cpanelde default olarak apache çalışır, default olarak mysql tek başına çalışır.

Panelsiz kullanım yapacak bilginiz mevcut ise zaten apache kullanmassınız, salt nginx çalıştırırsınız, yine mysql kullanırsınız ancak yanına percona veya mariadb eklersiniz.

Zaten sadece site barındırma amacıyla çalışan bir sunucuda webserver ve mysql temel taşlardır, tabi dns ve ftp gibi servislerde olmalıdır. Ancak sunucunun performansını etkileyen servisler webserver ve mysqldür bu tarafı hallettikten sonra diğerleriyle çok fazla uğraşmassınız.

Tabi scriptinizde belirleyici olacaktır, sadece sunucu taraflı bitmiyor hiçbirşey.