Tüm işlemleri cpanel üzerinden yapmalısınız. Add on işlemleri için cpanelde "Add On Domains" sekmesini tıklayarak yeni domainler ekleyebilirsiniz. Burada domaine klasör tanımlamanız istenecektir. Burdan sonrası aynı, yeni site kurar gibi addon domaininiz için de cpanelden yeni bir db ve db kullanıcı tanımlayacak, script dosyalarını oluşturduğunuz klasörün içine atacak; son olarak da script dv bağlantısını gerçekleştireceksiniz. 2. soruya gelince, bir çok sitemi bu yöntemle açtım, seo açısından bir zararını gördüğüm söylenemez ancak o dediğiniz şekilde index almasını istemiyorsanız, ana domaininizin robot.txt dosyasına anadomain.com/ikinci domain dolmain uzantısını, robotlar için unfollow ve noindex yapma satırlarını ekleyebilirsiniz.