IIS'te sadece klasör oluşturmak yetmiyor malesef.
Oluşturduğun klasörü sil, default web site'a sağ tıkla ve 'Add Virtual Directory' de.
Sonra publish ettiğin dosyaları IIS'te yeni oluşturduğun virtual directory klasörünün içerisine at.
Veya oluşturduğun klasöre sağ tıklayıp 'Convert to application' seçeneğini de deneyebilirsin.