ben buna benzer bir sorunu xml ile çözmüştüm.

a veri tabanından bir xml dosyasını php ile oluşturttum.

b veritabanına bu xml i okuyarak set update yapan başka bir php sayfası hazırladım.

a'yı b'ye eşitlemek istediğim zaman set update yapan sayfayı çalıştırmam yetti