Yanlış mantık şu siz diziye alıp aynı işlemleri yaptırıyorsunuz, bunun yerine tek inputta gelen veriyi bölüp kullanabilirsiniz
İD kavramı sayfada tek olması gereken bir tanımlayıcıdır. aynı id ile jquery seçicisi kullanamazsınız kullandığınız kodlarda
$( "#tags" ).autocomplete({
source: availableTags
});
Şu kısımdaki #tags id değerini altta çoğalttığınız sistemin id değerini girip çoğaltın bunun haricinde tek id ile 2 inputa seçici gönderemezsiniz jquery hangisine değerleri seçtireceğini bilemez..
aynı işlemi yaptırmak zorundayım çünkü kaç satır ekleneceği belli değil , yine javascript ile yeni satır ekle dediğimde üst satırdaki tüm input ve select leri alta açıyor ve dolayısıyla aynı name ile oluşturuyor , dizi şeklinde göndermekden başka yolum yok sanırım yada ben bulamadım , bu konuda var mı örnek verebileceğiniz kaynak