CI genel olarak view olayı aşaması şudur.
$this->load->view("tema.php",$yollucagindataarray);

$this->load->view("header.php",$headerdata);
$this->load->view("home.php",$headerdata);
$this->load->view("footer.php",$headerdata);

Burada malisef istediğin şekilde olması için ayrı ayrı yollaman gerekiyor
bununla beraber

http://williamsconcepts.com/ci/codei...ries/template/
https://github.com/philsturgeon/codeigniter-template
https://github.com/scotch-io/stencil
http://jeromejaglale.com/doc/php/codeigniter_template

bu template sistemlerini inceleyin güzel sınıflardır