Orda anlatıldığı şekilde dizine şifre koyuyorsunu artık o dizine girdiğinizde şifre soruyor şifreyle giriyosunuz.Tekrar cpanele falan girmeniz gerekmiyor.

<?
$username = "----------";
$password = "----------";
if ($_SERVER['PHP_AUTH_USER'] != $username || $_SERVER['PHP_AUTH_PW'] != $password) {
header('WWW-Authenticate: Basic realm="Login"');
header('HTTP/1.0 401 Unauthorized');
echo 'Please login to continue.';
exit;
}

atıyorum kullanacağın dosyanın en üst satırına bu kısmı eklersen istediğini yapabilirsin