İstediğin bu mudur hocam?
Not:Çalışması için hostta session'lar açık olması gerekiyor.

function set_timer($start,$time){
$start_time=strtotime($start);
$realtime=time();
//$realtime='1411387800';//=="2014-09-22 15:10:00" test time


	$diff=($realtime-$start_time)."<br><br>";
	if($diff>$time){
		$bolunmus=$diff/$time;
		$l=(floor($bolunmus)*$time);
		$dd=$diff-$l;
		//var_dump($dd);		
		//echo (($bolunmus));
		return $dd;
	}else{
		return $diff;
	}
}

Kullanımı;

echo set_timer("2014-09-22 16:15:00",$time=5); //Her 5 saniyede bir dönen değeri 0'lar.

Saniye cinsinden dönen değeri değişken içine atmak için;

$deger=set_timer("2014-09-22 16:15:00",$time=5); //5 saniyede bir gelen değeri sıfırlar ve değişken içine atar.