Urlleri kaldırmakla hata etmişsiniz. Webmaster tools site ayarlarından www li veya www siz tercihinizi yapıp hangisi kalacaksa diğer şeklini ona 301 ile yönlendirmeniz gerekir. Yönlendirme sonrasında urlleri indexten kaldırmamak gerekir çünkü bot onları gördükçe kendisi yönlendirme işlemi yapacak.
301 yönlendirme yapıldı. Sanırım yazılanı tam olarak okumamışsınız. Kaldırılan sayfalar www. şeklinde ve yönlendirilince 404 veriyor. Editörün yaptığı hata sonucu sayfalar yönlendirme sonucunda bulunamıyor. Sanırım o sayfaları yayından kaldırmış ya da başka bir şekilde indexlettirmiş. Problemde burada ortaya çıkıyor içerik duplicate oluyor.