Urlleri kaldırmakla hata etmişsiniz. Webmaster tools site ayarlarından www li veya www siz tercihinizi yapıp hangisi kalacaksa diğer şeklini ona 301 ile yönlendirmeniz gerekir. Yönlendirme sonrasında urlleri indexten kaldırmamak gerekir çünkü bot onları gördükçe kendisi yönlendirme işlemi yapacak.