Whm üzerinden crontab eklenmiyor bildiğim kadarıyla. Ssh üzerinden cron eklemeniz gerekiyor.

/etc/crontab dosyasına veya crontab -e yazarak ekleyebilirsiniz.

0 */3 * * * /usr/sbin/tmpwatch -am 1 /tmp/dosyaadi

nginx kullanmadığım için tmp'ye hangi dosyaları atıyor bilmiyorum. Oraya dosya adını yazarsınız.