hocam büyük ihtimal sistemdeki bütün index.html, index.php dosyalarına bulaşmıştır. öncelikle index dosyalarını kontrol edip virüslü olan kodu silecekseniz. sonrasında da bütün dosyaları kontrol etmeniz gerekir emin olmanız için
http://sitecheck.sucuri.net/ adresinden tarama yapıp hangi dosyalara bulaştığını görebilirsiniz. ama kesin sonuç vermez. bazen bulamayabiliyor. inşallah zararlı site damgası yemeden halledersiniz