SORUN ÇÖZÜLDÜ..

Bütün dosya ve klasörlerin CHMOD ayarını 777 yaptım.
Otomatik güncelleme yaparken benden istediklerini de yaptım. Ana dizinde "layouts" klasörü açtım ve htaccess dosyasını .txt uzantılı hale getirip bir de robots.txt dosyasının sonuna .dist ekledim. Bu şekilde yüklü bulunan 2.5.6 versiyonum 2.5.24 olarak düzenlenmiş oldu.
Ardından tmp klasörüne attığım 3.0.1 stable paketinin bulunduğu klasörü, eklenti yöneticisindeki "klasörden kurulum" bölümünde gösterdim. Ve kur dedim. Yükleme bir süre devam ettikten sonra zaman aşımı uyarısı verdi. Refresh yaptım. Joomla 3.0.1 kurulmuştu. Dil paketini de kurduktan sonra şu an site sorunsuz çalışıyor.

Not: Arada veritabanı güncellemesi de yapmak gerekiyor. Yönetim panelinden yani.
bir de doysları CHMOD ayarlarını düzelttim tabii.

Aynı yöntemi diğer 2.5.6 sitelere de uygulamaya başlıyorum.
Fikirlerini paylaşanlara teşekkürler..