Php de ssh2 fonksiyonunu kullanarak sunucuya reboot komutu gönderebilirsiniz.
http://php.net/manual/tr/book.ssh2.php

php ssh2 oturum açma komut gönderme için internette hazır fonksiyon ve kodları bulabilirsiniz.
https://www.google.com.tr/#q=php+ssh2+connect