Görünmesini istemediğiniz kategorilerin ID numaralarını alıp başına - koyarak,

<?php query_posts($query_string . '&cat=-1,-5,-8'); ?>

index.php dosyanızda

<?php if (have_posts()) : while (have_posts()) : the_post(); ?>

tarzı satırın üstüne ekleyerek işlemi yapabilirsiniz.