SELECT DISTINCT(uyeler.id),  
uyeler.username, 
uyeler.lastname,bilgiler .id39,bilgiler .id40 
FROM uyeler 
left join bilgiler  on uyeler.id = bilgiler .uye 
where uyeler.sube=16  
ORDER BY bilgiler .id40 DESC

distinct kullanırken önemli hatırlatma uyeler.id

Bu zaman auto numeric yani benzersiz oluşturuyorsun galiba ?

SELECT DISTINCT uyeler.id,  
uyeler.username, 
uyeler.lastname,bilgiler.id39,bilgiler.id40
FROM uyeler 
left join bilgiler  on uyeler.id = bilgiler.uye 
where uyeler.sube=16  
ORDER BY bilgiler.id40 DESC

tablonda id40 fieldler mevcut mu ?

Bu şekilde çalıştırmayı dene ve ek olarak mysql_error() çıktısını bizim için paylaş