İşlemcinizin çekirdek sayısına bağlı olarak -threads parametresi ile ffmpeg kullanımını limitleyebilirsiniz.

ffmpeg -i {$in} -b 1000k -ac 1 -threads 1 -ar 44100 -r 30000/1001 -vf \"movie=logo.png [watermark]; [in][watermark] overlay=10:10 [out]\" {$out}