Eklentilere baktım dediniz fakat hatırlatmak amaçlı bir yorum atayım.

All in one SEO da Tag kısmının index almaması için olan ayarı kaldırdınız mı?
/sitemap.xml de etiketlerin dahil olup olmadığına bir bakmanızı öneririm.

Eğer yoksa arkadaşında dediği gibi tema veya .htacess dosyanızı kontrol etmelisiniz.