Eğer checkboxlar dinamik olarak oluşturulmuyorsa şöyle yapabilirsiniz:
<?php
$db_den_gelen_veri = 'sec1,sec3,sec6';
$db_den_gelen_veri = explode(',',$db_den_gelen_veri);
?>
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="UTF-8">
</head>
<body>
<form action="">
<input type="checkbox" name="sec1" <?php if(in_array("sec1", $db_den_gelen_veri)) echo 'checked';?>>Seçenek 1<br>
<input type="checkbox" name="sec2" <?php if(in_array("sec2", $db_den_gelen_veri)) echo 'checked';?>>Seçenek 2<br>
<input type="checkbox" name="sec3" <?php if(in_array("sec3", $db_den_gelen_veri)) echo 'checked';?>>Seçenek 3<br>
<input type="checkbox" name="sec4" <?php if(in_array("sec4", $db_den_gelen_veri)) echo 'checked';?>>Seçenek 4<br>
<input type="checkbox" name="sec5" <?php if(in_array("sec5", $db_den_gelen_veri)) echo 'checked';?>>Seçenek 5<br>
<input type="checkbox" name="sec6" <?php if(in_array("sec6", $db_den_gelen_veri)) echo 'checked';?>>Seçenek 6<br>
</form>
</body>
</html>