sunucu yönetim ve ya kontrol panellerinde genelde sadece arayüzde php kullanılır arka planda python perl ve diğer dillerde kullanılıyor
zaten php ile bu tip izinleri açmak büyük güvenlik sorunları yaratacaktır.
ama istediğiniz whmcs gibi panel ise zaten cpanel vs gibi hosting kontrol panelleri apileri kullanarak entegre edilebiliyor

dizindeki dosya ve klasörleri olduğu gibi sıkıştırıp tek bir dosya haline getiriyorsun (zip,tar.gz gibi)

geri yüklemek için sıkıştırılmış dosyayı tekrar açıyorsun.

bu işi php ile yapabilirsin ama php biraz hamal gibi kalır, bunun yerine php'yi aracı kullanarak shell komutu çalıştırabilirsin.

http://linux.about.com/od/commands/l/blcmdl1_unzip.htm