Plesk kullanmadığım için çalışma mantığını bilmiyorum tam olarak,

ancak ben diğer panellerde böyle büyük siteleri taşıyacağım zaman, örneğin cpanelde exclude home directory gibi bir seçeneği işaretliyorum, bu sayede veritabanı ve mailler kolayca taşınıyor, çok yer kaplayan dosyaları rsync ile ayrıca çekiyorum.

yani evet pleskte bu seçenek varsa kullanmanız mantıklı, ayrıca rsync ile kullanabileceğiniz başka parametreleride öğrenmenizi tavsiye ederim, örneğin belirli isim veya uzantıdaki dosyaları hariç bırakmak gibi, zira en son taşıdığım sitenin cache dizininde 2 milyondan fazla dosya vardı

bu işlem için --exclude=cache/ veya --exclude=*.tmp kullanabilirsiniz.