my.cnf dosyanızdan innodb_file_per_table satırını silin,
ya çok yeni yada çok eski bir sürüm mysql kurmuşsunuz.
Sorun sanırım kullanmış olduğum mysql sürümünden alakalıymıştı
5.5.38 MySQL Community Server
sorunu fiber hocam sağolsun yeni bi my.cnf ayarlaması ile çözüme kavuşturdu.
#innodb_use_native_aio = 0
innodb_file_per_table
Sorun bu kısımdaymıştı aklıma gelmişti ancak bir önceki sunucumda sıkıntı yaratmadığı için denememiştim denemek lazımmıştı herkese çok teşekkür ederim

Özelliklede @fiberservers