Hocam olay şu: ust.php'de css dosyasının yolunu css/stil.css olarak belirlemişsiniz. Bu yol ana dizin içindeki php dosyaları için doğru. css dosyasının çekildiği ust.php, index.php gibi ana dizinde yer alan bi' php dosyasına include edildi ise çalışır, ama altsayfa dizini içindeki sayfa1.php dosyasından include edildi ise stil dosyasının yolu yanlış olacaktır. css/stil.css değil de ../css/stil.css şeklinde olması gerekir.

Bunun için yapabilecekleriniz
-@exselansTR_'nin dediği gibi bir sabit tanımlamak olabilir.
-ana dizin yolunun parametre olarak gönderildiği bir fonksiyon olabilir.
-ust.php'yi include etmeden önce ana dizin yolunu belirten bir değişken oluşturulup stil dosyaları vs. çekerken bu değişken kullanılabilir.
-Tüm dosyalar url'den delen isteğe göre index.php içine include edilebilir (böylece dosyalar hep ana dizin konumuna göre okunur). Yani index.php'yi görsel tabanlı değil, sadece hangi dosyanın gösterileceğini belirten koordine merkezi olarak kullanırsınız ki bence hoş olan da budur.

Edit: Bir de base konusu varmış.
htaccess dosyasında "RewriteBase /" satırı ekler, index.php, header.php veya uygun yer hangi dosyanızda ise oraya
<base href="<?php echo $siteurl; ?>/" />

kodunu ekerseniz "okuncak dosyaları çekerken ilk / işaretini kullanmaya gerek kalmaz", mesela localde xxx isimli bir klasörde çalışıyorsanız "RewriteBase /xxx/" derseniz $siteurl değikeninde de bu yolu belirtirseniz site içi dosyalar için /xxx/ şeklinde başlayan yollar kullanmanıza gerek kalmaz