Ben bu tarz sorunları php ile halletme taraftarıyım.
Şöyle ki


RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.siteadresi\.com


RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([^.]+)\.siteadresi\.com


RewriteRule ^$ index.php?subdomain=%1

Bu kısmı iptal edip $_Server ile subdomaini almanız daha mantıklı.