mysql sorgularının trafiğini mikrotik taramasın mı diyorsun. Vmware kullanıyorsan bir switch oluşturup bu iki makineye birer yeni ethernet eklersen düşündüğün sistem olabilir. Veya mikrotikte şu iki IP arasındaki trafiği tarama diyebilirsin.

Ama asıl mesele mysql ağ performansı ise mysqli içeriye alıp sata diskli bir sistemdeysen SSD ye geçebilirsin.