WHM'de paket sistemi çalışmaz. Epel deposunu ekleyip "yum install php-mcrypt" kullansan bile, paketi eklemeyecektir. Çünkü php* exclude listesinde.

cPanel eğer bunu yapmasa, zaten tüm php binaryler birbirine girer, Easyapache kullanmanın bir mantığı kalmaz.

Sizin yapmanız gereken Easyapache yardımıyla php'yi mcrypt desteği ile düzgünce tekrar derlemeniz, es geçtiğiniz bir nokta olmalı. Tekrar kontrol edin bence.